Markus Hinterhäuser se narodil v La Spezia (Itálie). Studoval hru na klavír na vídeňské univerzitě hudby a múzických umění a na Mozarteum University v Salcburku a mimo jiné navštěvoval mistrovské kurzy u Elisabeth Leonskaja a Olega Maisenberga.
Jako klavírista vystupoval Markus Hinterhäuser jako sólista a komorní hudebník v předních světových koncertních síních a na mezinárodně uznávaných festivalech, např. Carnegie Hall, vídeňský Musikverein a Konzerthaus a La Scala v Miláně. Účinkoval na salcburském festivalu, lucernském festivalu, Wien Modern, Festival d'Automne, Holland Festival, Berliner Festspiele a jinde. V oblasti Liederovy interpretace je obzvláště pozoruhodná jeho dlouholetá spolupráce s Brigitte Fassbaenderovou. Markus Hinterhäuser a baryton Matthias Goerne hrají cyklus Lieder Winterreise Franz Schubert na celosvětovém turné. Tato překvapivá produkce, koncipovaná ve spolupráci s jihoafrickým umělcem Williamem Kentridgem, byla uvedena ve Vídni, v Moskvě (International House of Music), na festivalu v Sydney, opeře v San Francisku, v pařížském Cité de la Musique a mnoha dalších na dalších renomovaných místech a do Jižní Koreje byl přivezen v prosinci 2016.
V posledních letech se Markus Hinterhäuser zaměřil na interpretaci soudobé hudby, zejména na díla Luigiho Nona, Karlheinze Stockhausena, Mortona Feldmana, Györgye Ligetiho a Galiny Ustvolské. Vedle četných nahrávek pro rozhlas a televizi nahrál na CD kompletní dílo pro klavír Arnolda Schoenberga, Albana Berga a Antona Weberna, stejně jako skladby Mortona Feldmana, Luigi Nono, Giacinto Scelsiho, Galiny Ustvolské a Johna Cagea.
Markus Hinterhäuser se opakovaně účastnil inscenací hudebních dramat v režii Christoph Marthaler, Johan Simons a Klaus Michael Grüber, včetně inscenací Wiener Festwochen Schutz vor der Zukunft(Christoph Marthaler, 2005; oživeno v roce 2006; četná mezinárodní hostující vystoupení) a Janáčkovy Deník zmizelého (Klaus Michael Grüber, 2005).
Jako kulturní manažer získal Markus Hinterhäuser mezinárodní uznání jako spoluzakladatel a umělecký ředitel (společně s Tomášem Zierhoferem-Kinem) Tok času série představená od roku 1993 do roku 2001 v rámci Salcburského festivalu. Na Wiener Festwochen Markus Hinterhäuser a Tomas Zierhofer-Kin spoluzaložili a spoluřídili Zeit-Zone Série, která byla součástí programu Wiener Festwochen v letech 2002 až 2004. V letech 2007 až 2011 byl Markus Hinterhäuser odpovědný za koncertní program Salcburského festivalu, poté následoval jeho působení ve funkci uměleckého ředitele pro sezónu 2011. V letech 2014 až 2016 působil jako umělecký ředitel Wiener Festwochen a na tento významný festival přivedl nejvlivnější dirigenty a režiséry. Od října 2016 je Markus Hinterhäuser uměleckým ředitelem salcburského festivalu. V květnu 2019 se dozorčí rada jednomyslně rozhodla prodloužit smlouvu Markuse Hinterhäusera jako uměleckého ředitele salcburského festivalu do září 2026.
